Kyle Xy.Kyle es un chico de 16 aos que despierta de pronto en un bosque en las afueras de Seattle, desnudo y envuelto en una viscosa sustancia rosa . Acta como un recin nacido, sin poder hablar, desconociendo el mundo en el que acaba de desembarcar. Sin embargo, es especial. Por alguna desconocida razn, no posee ombligo. Adems, incluso antes de conocer las cosas, se da cuenta de lo que est bien y de lo que no, posee una capacidad de aprendizaje y deduccin muy por encima de lo normal, as como una gran habilidad fsica.
Cuando la Polica lo encuentra, lo lleva a un centro de internamiento de menores. En l trabaja Nicole), una psicloga que se da cuenta de que Kyle es especial, y decide llevrselo a su casa, para estudiarlo, para conocerlo a fondo. En su hogar, Kyle deber aprender cmo se comporta el ser humano, cmo acta, y deber afrontar los problemas que se precipitan sobre l. A esto se suma un hombre que se mantiene en secreto, vigilndolo.